Ulcerul apare atunci când mucoasa stomacului şi a duodenului este corodată de sucurile digestive acide (care conţin acid clorhidric şi o enzimă numită pepsină), secretate de celulele stomacului. Secreţiile pot afecta şi esofagul.
Ulcerele peptice care apar în mucoasa gastrică se numesc ulcere gastrice, cele care apar în mucoasa duodenală se numesc ulcere duodenale iar cele care afectează esofagul, ulcere esofagiene.